Le Reiki fut redécouvert vers 1850 par le Dr Mikao Usui, alors qu'il était moine et doyen du séminaire chrétien, à l'Université Doshisha de la ville de Kyoto au Japon. Très tôt dans son enfance, Mikao fut éduqué par des missionnaires chrétiens, admis dans le pays, suite à la réouverture des frontières japonaises aux étrangers. Mikao adopta la philosophie chrétienne et devint ministre et philosophe, enseignant la Bible aux adolescents. Or, un jour, l'un de ses élèves lui demanda s'il croyait aux enseignements de la Bible. Mikao répondit par l'affirmative. L'élève lui demanda alors s'il croyait vraiment que Jésus guérissait des malades et accomplissait des miracles, tel que l'enseigne la Bible chrétienne. Mikao répondit qu'il y croyait, bien sûr.

Citant les paroles mêmes de Jésus dans la Bible : «Vous ferez ce que j'ai fait et de plus grandes choses encore!», l'étudiant poursuivit : «Pourquoi n'y a-t-il pas plus de guérisseurs dans le monde d'aujourd'hui? Si tout ceci est vrai, enseignez-nous le!». L'étudiant demanda en outre au Dr Usui si lui, en tant qu'enseignant de cette tradition, pouvait guérir comme Jésus le faisait. Mikao baissa la tête et répondit qu'il ne le pouvait pas. L'étudiant lui demanda alors comment il pouvait croire ce qui est écrit si personne ne pouvait prouver ces enseignements si refaire les mêmes gestes, deux mille ans plus tard.